전 세계에 퍼진 치명적인 바이러스 ‘시미안 플루’로 인해 유인원들은 나날이 진화하는 반면, 살아남은 인간들은 점차 지능을 잃고 퇴화해 간다. 인간과 공존할 수 있다고 믿었던 진화한 유인원의 리더 시저(앤디 서키스)는 유인원들을 몰살하려는 인간군 대령(우디 해럴슨)에 의해 가족과 동료들을 무참히 잃고 분노한다. 진화한 유인원이 언젠가 인간을 지배하게 될 지도 모른다는 두려움과 인류의 생존을 위해서 인간성마저도 버려야 한다는 대령과 더 이상의 자비와 공존은 없다며 가족과, 자유와, 터전을 위해 전쟁에 나서게 된 시저. 종의 운명과 지구의 미래를 결정할 피할 수 없는 전쟁. 과연, 최후는 어떻게 될 것인가!